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バージョン: v2.1.0

FRUCtoSアダプタ開発ガイド

最終更新日 2022年11月30日

本ガイドの目的​

本ガイドは、HL7 FHIR標準（以下、FHIR）に準拠したFRUCtoSのRESTful APIを通じて、電子カルテシステムなどのデータを読み出すことのできる「アダプタ」を開発するための手順を記載しています。

現在は、アダプタ開発の最初のステップとして、主に電子カルテシステムの患者データをFHIRのPatientリソースとして取得するまでの手順を記載しています。

本ガイドは、以下に関する基本的な知識を有するシステム開発者を対象としています。

  • FHIR
  • 電子カルテシステムのDBスキーマ
  • Java 11
    • Apache Maven
    • Spring Framework（以下、Spring）
    • Lombok
  • Docker
  • Docker Compose
備考

例としてDockerを実行環境とする場合を記載しています。 他のDocker互換のコンテナ実行環境をお使いの方は、適宜読み替えてください。 設定ファイルも適宜書き換えてください。

アダプタ開発に必要なソフトウェア​

アダプタの開発作業を行うPCに、以下のソフトウェアがインストールされている必要があります。

  • IDE（統合開発環境）※Pleiades All in One（Eclipse）またはIntelliJ IDEAを推奨
  • Apache Maven 3.6.3
  • Lombok 1.18.16 以降

アダプタの概要​

FRUCtoSは、以下の3つの層から構成されており、各層の境界インターフェイスは、Springコンポーネントとして実装されています。

  • インターフェイス層 - RESTful APIの提供など
  • サービス層 - データバリデーションなど
  • リポジトリ層 - データ検索処理やO/Rマッピングなど

アダプタは、このリポジトリ層のSpringコンポーネントを置き換える形で動作します。
具体的には、アダプタプロジェクトをビルドして作成したjarファイルを、FRUCtoSのWebアプリケーションに組み込むことで、リポジトリ層のSpringコンポーネントを置き換えます。

FRUCtoSのインターフェイス層およびサービス層の機能については、アダプタ側で特に意識することなくそのまま利用できます。
またアダプタでは、電子カルテシステムDBの値を保持するクラスと、FHIRリソースのマッピングをサポートするための各種アノテーションや、アダプタ用のコード生成ツールなどを利用できます。

アダプタ開発資源の入手​

FRUCtoS 公式サイトにて、製品版FRUCtoSのご利用をお申し込みください。

アダプタプロジェクトの作成​

製品版FRUCtoSの配布パッケージを解凍したファイル内のフォルダ（dist/repository-adapter-sample）を任意の名称に変更します。 例：repository-adapter-xxx（xxxは電子カルテ製品名やベンダー名など）

プロジェクトのインポート​

Pleiades All in One（Eclipse）やIntelliJ IDEAなどのIDE（統合開発環境）でLombokを利用可能な状態にした後、アダプタプロジェクトをMavenプロジェクトとしてインポートします。

インポートしたプロジェクトの動作確認​

IDE上でアダプタプロジェクトのビルドが完了した後、次のユニットテストを実行して、全てのテストが成功することを確認します。

com.example.impl.ResourceRepositoryImplPatientTest

テストが失敗する場合は、プロジェクトのインポート方法やビルド設定などに誤りがないかを確認してください。

Maven設定ファイルの修正​

プロジェクトフォルダ内にあるpom.xmlの、groupId、artifactId、nameなどを修正します。

「修正前」

    <groupId>com.example</groupId>
    <artifactId>fructos-repository-adapter-sample</artifactId>
    <version>0.0.1.${buildDate}-${revision}</version>
    <name>FRUCtoS Repository Adapter Sample</name>

「修正後（例）」

    <groupId>jp.co.xxx</groupId>
    <artifactId>fructos-repository-adapter-xxx</artifactId>
    <version>0.0.1.${buildDate}-${revision}</version>
    <name>FRUCtoS Repository Adapter for XXX</name>

pom.xmlのdependenciesで定義されている依存ライブラリの他に、使用したいライブラリやフレームワークなどがある場合は、dependencyを追加します。
例えば、以下のようなライブラリなどを追加することが考えられます。

  • 電子カルテシステムDB用のJDBCドライバライブラリ
  • サンプルプロジェクトで使用しているMyBatis以外のORMライブラリ

「PostgreSQLのJDBCドライバを追加する例」

    <dependencies>
       （中略）
        <!-- https://mvnrepository.com/artifact/org.postgresql/postgresql -->
        <dependency>
            <groupId>org.postgresql</groupId>
            <artifactId>postgresql</artifactId>
            <version>42.2.18</version>
        </dependency>
    </dependencies>

DBテーブルの値を保持するクラスの作成​

電子カルテシステムDBのテーブルの値を保持するクラス（一般的にEntityやDTOと呼ばれるクラス）を作成します。
※以降はこのクラスを「DBエンティティ」と記載します。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.entity.PatientEntity

DBエンティティには、DBテーブルのカラムに対応したフィールドと、各フィールドのgetterおよびsetterを作成してください。
アダプタサンプルプロジェクトでは、Lombokアノテーションを使用してgetterとsetterを作成しています。

アダプタサンプルプロジェクトのサンプルDBスキーマは、src/main/resources/mybatis_settings/schema.sqlで定義されています。

DBアクセスクラスの作成​

電子カルテシステムDBへアクセスするためのクラス（一般的にDAOやRepositoryと呼ばれるクラス）を作成します。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.entity.PatientEntityMapper

まずは、電子カルテシステムDBの患者情報を保持するテーブルから、主キー（患者IDなど）を指定してデータを取得するメソッドを作成することをおすすめします。

アダプタサンプルプロジェクトでは、ORM（Object Relational Mapping）ライブラリとしてMyBatisを使用していますが、その他のお好みのライブラリを使用することも可能です。

アダプタサンプルプロジェクトのMyBatis Mapperクラスを修正して使用する場合は、アダプタプロジェクトのpackage構成に合わせて、com.example.adapter.config.MyBatisConfigの以下の行を修正してください。

@MapperScan(basePackages = { "com.example.adapter.entity" })

MyBatis MapperクラスのDB接続情報は、src/main/resources/mybatis_settings/repository_context.propertiesに設定されています。

datasource.driver-class-name=org.h2.Driver
#datasource.driver-class-name=org.postgresql.Driver
datasource.url=jdbc:postgresql://localhost:5432/sample
datasource.username=sample
datasource.password=sample

コンバータクラスの作成​

DBエンティティの各フィールドの値を、対応するFHIRリソースのプロパティの値に変換するためのメソッド群を定義した、コンバータクラスを作成します。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.conversion.impl.CommonConverterとcom.example.adapter.conversion.impl.PatientPropertyConverter

コンバータクラスの詳細は「コンバータクラス」を参照してください。

ResourceKeyインターフェイスの実装クラスの作成​

アダプタの共通インターフェイスとして用意されている、ResourceKeyインターフェイスの実装クラスを作成します。
このクラスは、あるFHIRリソースを構成するのに必要な、電子カルテシステムDBテーブルのレコードを特定する主キーの値を保持します。

例えば、FHIRのPatientリソースを構成するのに「患者テーブル」のレコードが必要な場合は、ResourceKeyインターフェイスを実装したPatientResourceKeyクラスを作成し、フィールドに「患者テーブル」の主キー（患者IDなど）を持たせます。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.conversion.impl.PatientResourceKey

ResourceResourceインターフェイスの実装クラスの作成​

アダプタの共通インターフェイスとして用意されている、ResourceResourceインターフェイスの実装クラスを作成します。
このクラスは、あるFHIRリソースを構成するのに必要なResourceKeyと、ResourceKeyを使って読み出される全てのDBエンティティを保持します。

例えば、FHIRのPatientリソースを構成する場合は、ResourceResourceインターフェイスを実装したPatientResourceResourceクラスを作成し、フィールドにPatientResourceKeyとPatientEntityを持たせます。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.impl.PatientResourceResource

DBエンティティのフィールドには、getterおよびsetterを作成してください。
アダプタサンプルプロジェクトでは、Lombokアノテーションを使用してgetterとsetterを作成しています。

マッピングアノテーションの付与​

作成したDBエンティティとResourceResourceインターフェイスの実装クラスに、アダプタ用のマッピングアノテーション付与します。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.entity.PatientEntityとcom.example.adapter.impl.PatientResourceResource

マッピングアノテーションの詳細は「マッピングアノテーション」を参照してください。

MapperGeneratorの実行​

アダプタ用のコード生成ツールである「MapperGenerator」を実行して、マッピングアノテーションを付与したクラスを元に、リソースマッピングクラスを生成します。

生成例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.gen.PatientResourceResourceMapper

生成されたリソースマッピングクラスには、ResourceResourceインターフェイスの実装クラスが保持するDBエンティティを、FHIRのリソースクラスにマッピングするためのメソッド（map）が作成されます。 このマッピングメソッドの実行時に、DBエンティティのマッピングアノテーションで指定した、コンバータクラスの変換メソッドが適用されます。

MapperGeneratorの実行方法は「MapperGenerator」を参照してください。

Searcherインターフェイスの実装クラスの作成​

アダプタの共通インターフェイスとして用意されている、Searcherインターフェイスの実装クラスを作成します。

Searcherインターフェイスには、検索（絞り込み）のためのfilterメソッド群と、検索結果を確定するgetResultメソッドが定義されています。

初めから全てのfilterメソッド群を実装するのではなく、順次実装していくことをおすすめします。

Searcherインターフェイスの実装クラスには、Springの@Componentアノテーションを付与してください。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.impl.AbstractSearcherImplとcom.example.adapter.impl.PatientSearcherImpl

SearcherFactoryインターフェイスの実装クラスの作成​

アダプタの共通インターフェイスとして用意されている、SearcherFactoryインターフェイスの実装クラスを作成します。

SearcherFactoryインターフェイスには、検索範囲の異なるSearcherを生成するためのcreateメソッド群が定義されています。
Searcherのインスタンスは、SpringのObjectFactoryを利用して生成してください。
※Searcherはシングルトンではなく状態を持ったコンポーネントになるため、createメソッドが呼び出されるたびにインスタンスを生成する必要があります。

初めから全てのcreateメソッド群を実装するのではなく、順次実装していくことをおすすめします。

SearcherFactoryインターフェイスの実装クラスには、Springの@Componentアノテーションを付与してください。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.impl.SearcherFactoryImpl

ResourceKeyResolverインターフェイスの実装クラスの作成​

アダプタの共通インターフェイスとして用意されている、ResourceKeyResolverインターフェイスの実装クラスを作成します。

ResourceKeyResolverインターフェイスには、ResourceKeyを元にFHIRリソースを取得するためのメソッド群が定義されています。
ResourceKeyResolverインターフェイスの実装クラス内で、DBアクセスクラスとリソースマッピングクラスを使用することを想定しています。

初めから全てのメソッドを実装するのではなく、順次実装していくことをおすすめします。

ResourceKeyResolverインターフェイスの実装クラスには、Springの@Componentアノテーションを付与してください。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.impl.ResourceKeyResolverImpl

ResultResourceKeyListインターフェイスの実装クラスの作成​

アダプタの共通インターフェイスとして用意されている、ResultResourceKeyListインターフェイスの実装クラスを作成します。

ResultResourceKeyListインターフェイスには、Searcherのメソッドの呼び出し結果として得られるResourceKeyを追加するメソッドや、And検索のための集合演算を行うためのメソッドなどが定義されています。

ResultResourceKeyListインターフェイスの実装クラスは、Searcherのメソッドの呼び出し結果として得られるResourceKeyのリストを保持します。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.impl.ResultResourceKeyListImpl

ResultResourceKeyListProcessorインターフェイスの実装クラスの作成​

アダプタの共通インターフェイスとして用意されている、ResultResourceKeyListProcessorインターフェイスの実装クラスを作成します。

ResultResourceKeyListProcessorインターフェイスには、ページングや以下の検索結果に対するパラメータを処理するためのメソッドが定義されています。

  • _sort
  • _total
  • _count
  • _include
  • _revinclude
  • _contained
  • _containedType

ResultResourceKeyListProcessorインターフェイスの実装クラスには、Springの@Componentアノテーションを付与してください。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.impl.ResultResourceKeyListProcessorImpl

ResourceRepositoryインターフェイスの実装クラスの作成​

FRUCtoSのリポジトリ層インターフェイスである、ResourceRepositoryインターフェイスの実装クラスを作成します。

ResourceRepositoryインターフェイスの各メソッドは、FRUCtoSのサービス層から呼び出されます。

ResourceRepositoryインターフェイスの実装クラスには、Springの@Repositoryアノテーションを付与してください。

ResourceRepositoryインターフェイスのsearchメソッドを実装する際には、アダプタの共通クラスとして用意されているjp.fructos.repository.adapter.common.SearchCaseDispatcherクラスを利用できます。
SearchCaseDispatcherは以下のような機能を持っています。

  • 検索パラメータに応じて、SearcherFactoryから適切なSearcherを生成する。
  • chain検索の検索パラメータを分解する。
  • 分解した各検索パラメータに応じて、一連の適切なSearcherメソッドを呼び出し、検索結果としてResultResourceKeyListを返す。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.impl.ResourceRepositoryImpl

アダプタで最低限実装する必要があるのは、このResourceRepositoryインターフェイスと、以下に説明するAuditRepositoryとTerminologyRepositoryインターフェイスです。
その他のアダプタ共通インターフェイスについては、必ずしも実装する必要はなく、ResourceRepositoryインターフェイスの各メソッドの処理は、全てアダプタで独自に実装することも可能です。
例えば、アダプタのマッピングアノテーションと、MapperGeneratorによるリソースマッピングクラスの生成機能のみ利用し、それ以外の処理は全てアダプタで独自に実装するといったケースも考えられます。

AuditRepositoryインターフェイスの空実装クラスの作成​

FRUCtoSのリポジトリ層インターフェイスである、AuditRepositoryインターフェイスの空実装クラスを作成します。

AuditRepositoryインターフェイスの空実装クラスには、Springの@Repositoryアノテーションを付与してください。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.impl.AuditRepositoryImpl

TerminologyRepositoryインターフェイスの空実装クラスの作成​

FRUCtoSのリポジトリ層インターフェイスである、TerminologyRepositoryインターフェイスの空実装クラスを作成します。

TerminologyRepositoryインターフェイスの空実装クラスには、Springの@Repositoryアノテーションを付与してください。

実装例：アダプタサンプルプロジェクトのcom.example.adapter.terminology.TerminologyRepositoryImpl

アダプタの実行準備​

初めに、Mavenコマンドでアダプタプロジェクトをビルドして、jarファイルを作成します。

Shell
mvn clean package

続いて、アダプタサンプルプロジェクトに同梱されている、fructos_adapter_docker/tomcat/webapps/fructos-adapter/WEB-INF/libフォルダに、ビルドしたアダプタプロジェクトのjarを追加します。
アダプタプロジェクトのpom.xmlに独自に追加したdependencyがある場合は、それらのjarも追加してください。

fructos_adapter_docker/tomcat/webapps/fructos-adapter/WEB-INF/dispatcher-servlet.xmlをテキストエディタなどで開いて、Springのコンポーネントスキャン対象パッケージに、アダプタのJavaパッケージを追加します。

<!-- com.example部分をアダプタのJavaパッケージに変更してください -->
<context:component-scan base-package="jp.fructos,com.example"/>

アダプタの実行（Dockerを使用する場合）​

fructos_adapter_docker/.envをテキストエディタなどで開いて、DB接続情報をアダプタの接続先DBに合わせて修正します。

DB_DRIVER=org.postgresql.Driver
DB_URL=jdbc:postgresql://xxx.xxx.xxx.xxx:5432/sample
DB_USER=sample
DB_PASSWORD=sample

fructos_adapter_dockerフォルダで以下のコマンドを実行します。

注意

docker-composeのバージョンがv2.0.0以上の場合、docker-composeコマンドをdocker composeコマンドに読み替えて実行してください。

Shell
docker-compose up -d --build

アダプタの実行（Dockerを使用しない場合）​

fructos_adapter_docker/tomcat/webapps/fructos-adapterフォルダを、別途セットアップしたTomcat（バージョン9.0.43以上）のwebappsフォルダに追加して実行します。